ก่อนปี พ.ศ.2470 การผ่านแดนระหว่างประเทศไทยกับ สปป.ลาว ไม่มีเอกสารผ่านแดนแต่อย่างใด ประชาชนไทยและอินโดจีน (ลาว) สามารถเดินทางเข้าออกได้โดยไม่ต้องขออนุญาต ด้วยแต่เดิมนั้นดินแดนทางฝั่งซ้ายของแม่น้ำโขงเป็นส่วนหนึ่งของประเทศสยาม เมื่อไทยเสียดินแดนทางฝั่งซ้ายจึงได้ถูกฝรั่งเศสตั้งเป็นกลุ่มประเทศอินโดจีน อันได้แก่ ญวน ลาว กัมพูชา ซึ่งเป็นอาณานิคมฝรั่งเศส ความสัมพันธ์ของประเทศทั้งสองฝั่งแม่น้ำโขงในภูมิภาคนี้ เป็นเสมือนเครือญาติร่วมสายโลหิต การเดินทางติดต่อสัมพันธ์กันจึงดำเนินไปแบบฉันท์พี่น้อง มีความผูกพันกันทั้งด้านขนบธรรมเนียมประเพณี ความเชื่อในทางศาสนาและวัฒนธรรม จึงสืบสานต่อกันมาด้วยภาษาพูดที่เหมือนหรือคล้ายคลึงกัน จึงอยู่ร่วมกันอย่างเป็นปกติสุข

พ.ศ.2470 รัฐบาลไทยได้ทำสนธิสัญญากับฝรั่งเศสเกี่ยวกับเส้นเขตแดนในแม่น้ำโขง สิทธิในการประกอบอาชีพประมงในลำน้ำโขง การกำหนดช่องทางเข้า – ออก การจัดตั้งหน่วยงานประสานระหว่างประเทศ และสัญญาอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง เพื่อให้สอดคล้องกับกฎหมายภายในของประเทศ

พ.ศ.2478 กระทรวงมหาดไทยประกาศตั้งด่านตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดนครพนมขึ้น เป็นหน่วยราชการส่วนภูมิภาคในสังกัดกระทรวงมหาดไทย โดยมี นายอานัจ กิจพิบูลย์ เป็นหัวหน้าด่านคนแรก มีช่องทางเข้า – ออก บริเวณท่าเทียบเรือริมถนนสุนทรวิจิตร ต.ในเมือง อ.เมือง จ.นครพนม ซึ่งตรงกับด่านตรวจคนเข้าเมืองเมืองท่าแขก แขวงคำม่วน ประเทศลาว

พ.ศ.2486 สถานการณ์ในกลุ่มประเทศอินโดจีนเปลี่ยนแปลง เกิดสงครามอินโดจีนและสงครามโลกครั้งที่ 2 ฝรั่งเศสที่ปกครองกลุ่มประเทศอินโดจีน ได้ทำข้อตกลงกับรัฐบาลไทย เพื่อกำหนดระเบียบการปฏิบัติว่าด้วยการจราจรชายแดน โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้ประชาชนที่อยู่ตามแนวชายแดนระหว่างประเทศทั้งสอง สามารถเดินทางเข้า – ออกเพื่อค้าขายและเยี่ยมญาติตามข้อกำหนดได้ ข้อตกลงว่าด้วยการจราจรตามชายแดน

พ.ศ.2486 นี้ได้กำหนดให้ผู้ที่จะเดินทางผ่านแดนจะต้องใช้บัตรผ่านแดนที่ออกให้ประชาชนของแต่ละประเทศ เดินทางเข้า - ออกได้ตามช่องทางด่านตรวจวคนเข้าเมือง การเข้า – ออกราชอาณาจักรโดยใช้บัตรผ่านแดนนี้ ในรายละเอียดนั้นให้อยู่ในราชอาณาจักรได้ไม่เกิน 30 วัน และอยู่ในเขตชายแดนห่างจากเส้นเขตแดนระหว่างประเทศได้ไม่เกิน 25 กิโลเมตร การเข้า – ออกตามช่องทางจะต้องได้รับการตรวจอนุญาตจากพนักงานเจ้าหน้าที่ด้วย

พ.ศ.2493 หลังสิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่ 2 รัฐบาลได้ออกพระราชบัญญัติคนเข้าเมือง

พ.ศ.2493 และได้กำหนดช่องทางเข้า – ออกราชอาณาจักรในพื้นที่จังหวัดนครพนม 4 ช่องทาง คือ ด่านตรวจคนเข้าเมืองอำเภอท่าอุเทน, ด่านตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดนครพนม, ด่านตรวจคนเข้าเมืองอำเภอธาตุพนม และด่านตรวจคนเข้าเมืองอำเภอมุกดาหาร (ขณะนั้นมุกดาหารเป็นอำเภอหนึ่งในปกครองของจังหวัดนครพนม) แนวชายแดนนี้มีแม่น้ำโขงเป็นเส้นกั้นพรมแดนไทยกับราชอาณาจักรลาว

พ.ศ.2508 – 2518 สถานการณ์ในพื้นที่จังหวัดนครพนมมีผู้ก่อการร้ายคอมมิวนิสต์เข้ามาปฏิบัติการบางส่วนได้รับการสนับสนุนจากต่างประเทศ มีการปะทะกันกับเจ้าหน้าที่ครั้งแรกที่บ้านนาบัว อ.เรณูนคร จ.นครพนม สภาความมั่นคงแห่งชาติจึงเข้มงวดวางกฎระเบียบการเข้า – ออกชายแดนด้านนี้ให้รัดกุมขึ้น การต่อสู้เป็นสงครามภายในประเทศลาวได้ขยายไปทั่วประเทศ ทำให้ประชาชนลาวอพยพเข้ามาลี้ภัยในประเทศไทยตามแนวชายแดน ผู้อพยพได้เข้ามาอย่างผิดกฎหมายและผิดช่องทาง สภาความมั่นคงแห่งชาติกับองค์การสหประชาชาติ ได้จัดตั้งศูนย์แรกรับผู้อพยพเป็นการชั่วคราวตามจังหวัดชายแดนหลายแห่ง ซึ่งที่จังหวัดนครพนม มี 2 แห่ง คือ ที่บ้านนาโพธิ์ กับ บ้านหนองแสง อ.เมือง จ.นครพนม การอพยพเข้ามาของชาวลาว ได้สร้างภาระให้กับรัฐบาลไทยที่จะต้องเลี้ยงดูตามหลักของมนุษยธรรม ไม่สามารถผลักดันกลับประเทศในทันที และผู้อพยพไม่สามารถที่จะเดินทางไปประเทศที่สามได้ การจัดตั้งศูนย์อพยพและการรับผู้อพยพเข้ามาอยู่ในศูนย์จะต้องผ่านขั้นตอนแยกประเภทจากคณะกรรมการ เป็นเหตุให้มีการลักลอบเข้าไปอยู่ในศูนย์เพื่อนจะใช้สิทธิเดินทางไปประเทศที่สาม และเนื่องจากมีเงื่อนไขในการรับตัวผู้อพยพ อีกทั้งเกี่ยวข้องกับองค์การระหว่างประเทศหลายหน่วยงาน การดำเนินการจึงต้องระมัดระวังในสิทธิเสรีภาพขั้นพื้นฐานของผู้อพยพ จึงทำให้เกิดปัญหาอยู่เนือง ๆ

พ.ศ.2518 – 2531 ได้เกิดการเปลี่ยนแปลงการปกครองในประเทศลาว มีการสู้รบและมีปัญหาชายแดนระหว่างประเทศ รัฐบาลไทยกับรัฐบาลลาวมีข้อพิพาทเขตแดน กระทรวงมหาดไทยจึงประกาศปิดด่านผ่านแดน สำหรับด่านตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดนครพนม ได้มีประกาศกระทรวง มหาดไทย ลงวันที่ 3 กรกฎาคม 2523 ให้ปิดพรมแดน การผ่านแดนระหว่างนครพนมกับแขวงคำม่วนจึงสิ้นสุดลงตั้งแต่บัดนั้น และส่งผลให้ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศหยุดชะงักไป มีปัญหาการลักลอบนำสินค้าผ่านแดน การลักลอบหลบหนีเข้าเมือง และการกระทบกระทั่งกันระหว่างเจ้าหน้าที่ของทั้งสองประเทศอยู่เนือง ๆ ไม่มีการติดต่อสัมพันธ์เพื่อประสานความเข้าใจ จึงทำให้ห่างเหินกันไป

พ.ศ.2532 รัฐบาลไทยมีนโยบายทำสนามรบให้เป็นสนามการค้า กระทรวงมหาดไทยจึงได้มีประกาศ ลงวันที่ 23 มกราคม 2532 ให้เปิดจุดผ่านแดนอำเภอเมืองนครพนม หลังจากเปิดจุดผ่านแดน สถานการณ์ระหว่างประเทศดีขึ้น มีการติดต่อซื้อขาย การเดินทางเข้า – ออก การร่วมมือระหว่างประเทศ มีข้อตกลงระหว่างกันหลายฉบับบนพื้นฐานของความเสมอภาค ปริมาณการซื้อขายเพิ่มสูงขึ้น ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศและระหว่างเจ้าหน้าที่ท้องถิ่นดีขึ้นโดยลำดับ

พ.ศ.2537 มีการปรับปรุงโครงสร้าง กองตรวจคนเข้าเมืองซึ่งขณะนั้นมีสถานะเป็นกองบังคับการขึ้นตรงกับกรมตำรวจ ได้รับการปรับระดับเป็นกองบัญชาการ เรียกว่า “สำนักงานตรวจคนเข้าเมือง” ด่านตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดนครพนมซึ่งเป็นหน่วยราชการส่วนภูมิภาค จึงเปลี่ยนสถานะเป็น “ด่านตรวจคนเข้าเมืองนครพนม” มีสถานะเป็นหน่วยราชการส่วนกลางที่มีสำนักงานอยู่ในส่วนภูมิภาค รับผิดชอบพื้นที่จังหวัดนครพนม, สกลนคร และ กาฬสินธุ์ มีหัวหน้าหน่วยงานระดับ "สารวัตร"

พ.ศ.2552 มีการปรับปรุงโครงสร้างของสำนักงานตำรวจแห่งชาติอีกครั้งหนึ่ง สำนักงานตรวจคนเข้าเมืองได้รับการปรับโครงสร้างให้มีตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดขึ้นอีกหลายจังหวัดที่ยังไม่มีเจ้าหน้าที่ตรวจคนเข้าเมืองไปปฏิบัติหน้าที่ประจำ ส่วนจังหวัดที่มีเจ้าหน้าที่ตรวจคนเข้าเมืองปฏิบัติงานประจำอยู่แล้วก็เปลี่ยนเป็นตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดเช่นเดียวกัน ดังนั้น "ด่านตรวจคนเข้าเมืองนครพนม" จึงได้ปรับเปลี่ยนเป็น "ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดนครพนม" โดยมีหัวหน้าหน่วยงานระดับ "สารวัตร" เช่นเดิม และรับผิดชอบพื้นที่จังหวัดนครพนม

พ.ศ.2555 มีการขอขยายอัตรากำลังเนื่องจากมีภารกิจมากขึ้นจากการเปิดใช้สะพานมิตรภาพ 3 (นครพนม-คำม่วน) และได้รับการยกระดับหัวหน้าหน่วยงานจาก "สารวัตร" เป็น "สารวัตรใหญ่" พ.ศ.2557 มีการขอขยายอัตรากำลังอีกครั้ง เนื่องจากปริมาณงานมีมากขึ้นเรื่อยๆ และเป็นการรองรับการเปิดประชาคมอาเซียน ดังนั้นจึงได้รับการสนับสนุนกำลังพลมากขึ้น และยกระดับหัวหน้าหน่วยงานจาก "สารวัตรใหญ่" เป็น "ผู้กำกับการ"